Persona 3, pierwotnie wydana w Japonii w 2006 roku na PS2 (w Europie w lutym 2008 roku), stanowiła powrót Atlus do serii, której wcześniejsze odsłony pojawiały się na PSone. Wydanie tego tytułu okazało się dla japońskich deweloperów z Atlus przełomowe - gra stała się bardzo popularna i sprzedała się znakomicie, co umożliwiło twórcom z Japonii podjęcie większej ilości projektów. Wcześniej Atlus nie potrafiło przebić się do świadomości masowego odbiorcy. Tym razem udało się - tytuł został przetłumaczony na kilka języków i wydany na całym globie.

Persona 3 jest dungeon crawlerem, a więc tytułem, którego istotą jest poruszanie się po lochach i walka z hordami przeciwników. Atlus opakowało jednak taki klasyczny rdzeń rozgrywki w typowo przygodówkowo-roleplayowe motywy, kojarzące się z japońskimi RPG. Deweloperzy dokonali już tego przy okazji pierwszej i drugiej części serii, ale nigdy z takim powodzeniem. W Persona 3 wcielamy się w jednego z uczniów japońskiego ogólniaka, który w wolnym czasie od nauki zajmuje się walką z mrocznymi mocami w ramach oddziału SEES. Po lekcjach główny bohater, wraz z członkami swojego zespołu, odwiedza alternatywną przestrzeń zwaną Tartarusem, w której toczy walkę z demonami zagrażającymi bezpieczeństwo szarych obywateli. Najważniejszym orężem w walce z adwersarzami są w Persona 3 tytułowe potwory, które przywoływane są przez członków zespołu SEES poprzez przyłożenie sobie do skroni przyrządu przypominającego pistolet (tzw. Evoker) i pociągnięcie cyngla. Takie symulowane samobójstwo w Persona 3 wywołało po premierze gry liczne kontrowersje.

Dalsza część tekstu pod wideo

Gameplay w Persona 3 podzielony jest na dwie główne części - w trakcie jednej zwiedzamy miasteczko, gdzie możemy np. odwiedzić sklep lub spotkać się ze znajomymi w kawiarni. W drugiej sekcji wkraczamy do Tartarusa, gdzie przedzieramy się przez kolejne kondygnacje olbrzymiego lochu. Walka prowadzona jest pod turowe dyktando, a najważniejszym jej elementem jest odpowiednie korzystanie z ataków żywiołowych. Przy znalezieni słabości adwersarza otrzymujemy możliwość ponownej ofensywy, przy ominięciu swojej kolejki ruchu (tzw. One Up!).

Tytuł został wydany także na PS2 w rozszerzonej, uzupełnionej formule z podtytułem FES. Grę skonwertowano później na PSP. Wszystkie wydania gry cieszyły się dużą popularnością wśród graczy oraz zdobyły bardzo wysokie oceny w branżowej prasie.